在变法的问题上，司马光对王安石产生了误会。王安石不顾别人的非议，尽心斟酌商讨，定了新法八条、富国法六条、农田水利法、均输法、青苗法免役法、市易法、方田均税法。还定强兵法二条：保甲法、保马法。
首先颁行《均输法》，设发运使官，专管各地物产和朝廷需求，就近采购，就近运输，使富商不能操纵物价，并节省价款和运费。宋神宗随即批准，命薛向为发运使。
均输法施行之后，富商大贾难以投机取利，便通过朝臣上书说：“薛向小人，笼办交易，夺商贾之利。”条例司内部苏辙也说均输法是“法术不正”。
宋神宗见这些奏议都是替大商人说话的，就一概不理，而且听任苏辙辞官而去。两个月后，条例司发布了《青苗法》：每年青黄不接时，两次低息向农户贷款，使农户不缺种子和粮食，以利生产。这一来，在豪强官绅之中引起了强烈不满。
这些大户不仅被限制了高利贷的收益，有的还要向国家交息，于是对新法群起而攻之。宰相富弼见宋神宗专信王安石，便称病辞职。
这天，宋神宗在迩英阁听司马光讲史。司马光和王安石的主要助手吕惠卿争辩起来。司马光说：“民间借贷都造成饥寒流民，何况官府威逼！”吕惠卿说：“富民高利是害民，官府贷款是利民。”
宋神宗说：“陕西推行已久，并无弊病。”司马光说：“臣是陕西人，只见到青苗法的弊病，没见到此法的益处。”司马光和吕惠卿一时争论不下，宋神宗让他们暂且退出。