袁崇焕进士出身，早年自荐到辽东前线抗击后金，因受到魏忠贤党羽排挤，愤而辞官回乡。
后来崇祯皇帝重新起用了袁崇焕，袁崇焕承诺5年收复辽东，崇祯皇帝很高兴，授袁崇焕尚方宝剑。袁崇焕的官职兵部尚书兼任右副都御史，级别正二品，崇祯皇帝命袁崇焕“督师蓟辽，兼督登莱、天津军务”，整个辽东军事将领受他节制，毛文龙虽是一品大员，袁崇焕手持尚方宝剑，代表皇帝行事，故毛文龙是袁崇焕的下级。
毛文龙性格强悍，在东江镇多年经营，东江镇俨然是他的独立王国。袁崇焕早就听说过毛文龙的个性，他绝对不会允许在自己治下，还会出现这样的事情。
袁崇焕还在京城时，内阁大臣钱龙锡问他将怎么处理毛文龙，袁崇焕想都没想就回答：“可用则用之，不可用则杀之。”
当然，袁崇焕不是一个鲁莽的人。他到了辽东前线，还是对毛文龙进行了试探，看他是否接受自己代表朝廷的领导。袁崇焕提出，按照明朝军队必须由文官监制的惯例，请朝廷派遣文官到毛文龙军中，管理粮饷。因为，东江镇浪费的军饷实在太多了，屡屡遭到朝廷官员弹劾。果然不出所料，毛文龙上奏朝廷进行争辩，拒绝接受朝廷派来的文官。
为了挽救毛文龙，袁崇焕决定以阅兵为由，亲自去东江镇一趟。到了东江镇，袁崇焕受到了毛文龙的盛情款待。袁崇焕是一名文官，但多年的军伍生涯，让他也养成了“大碗喝酒”的习惯。两人便在军营中豪饮，一直到后半夜才结束。
在喝酒时，袁崇焕再次提出在东江镇设置监察官员的建议，毛文龙很不高兴。袁崇焕默然。不久，袁崇焕以返乡来打动毛文龙，示意他急流勇退。毛文龙不愿意地回答：“向有此意，但惟我知东事，东事毕，朝鲜衰弱，可袭而有也。”
当毛文龙自己把所有的退路都堵死了后，等待他的就只能是死路一条。
第二天，袁崇焕邀请毛文龙观看将士射箭，事先在帐外埋伏了士兵，又不允许毛文龙部下进入。等毛文龙来了，袁崇焕说：“予诘朝行，公当海外重寄，受予一拜。”毛文龙回拜后，两人登山。袁崇焕询问毛文龙身边随从，大多数姓毛。袁崇焕又对他们说：“尔等积劳海外，月米止一斛，言之痛心，亦受予一拜，为国家尽力。”
袁崇焕对毛文龙随从说的这一番话，出自肺腑，显得十分真诚，让人十分感动。毛文龙随从纷纷磕头回礼。
随后，袁崇焕就喝令预先埋伏的士兵，将毛文龙抓捕起来。毛文龙不服。袁崇焕当众宣告他犯下“专制一方，军马钱粮不受核”“杀降人难民冒功”“奏有牧马登州取南京如反掌语，大逆不道”“侵盗军粮”“私通外番”“部将数千人悉冒己姓”“剽掠商船，自为盗贼”“强取民间子女，不知纪极”“驱难民远窃人参，不从则饿死，岛上白骨如莽”“拜魏忠贤为父”“丧军无算，掩败为功”“观望养敌”12条死罪。
应该说，袁崇焕在来东江镇之前，就进行了一番调研，获得了毛文龙的罪状，所以才有恃无恐。在这些罪状面前，毛文龙无话可说，只能引颈就戮。
袁崇焕宣布的这些罪名我们可以看出，除了“拜魏忠贤为父”“观望养敌”等比较牵强，其余如“专制一方”“剽掠商船”“杀降人难民冒功”“私通外番”等，每一条都是实打实的死罪。
因此，毛文龙死得不冤。袁崇焕唯一的疏忽之处，就是没有在处死毛文龙之前向朝廷汇报。毕竟，尚方宝剑虽然拥有“先斩后奏”的权力，却只是针对五品以下官员。对于毛文龙这种级别的一品大员，一刀就杀掉了，还是有失稳重。这也为一年后，崇祯皇帝以“专戮大帅”为由杀掉袁崇焕，埋下了伏笔。