当刘裕解决刘毅，平定谯蜀，收拾完诸葛长民之后，刘裕此时的威望已经达到了顶点。此时的刘裕已经开始为皇位宝座而铺路了，但在此之前，司马家族依旧有不少宗室是刘裕前进的障碍，司马休之就是其中的代表。
司马休之，晋安帝的远亲。史载司马休之为人谦恭，不论是管理军队还是治理地方都很有能力。桓玄乱起时，司马休之曾逃亡南燕，直到东晋复辟才得以归国回家。后来刘毅被诛后，司马休之就继任为荆州刺史。
司马休之这个荆州刺史不是刘裕安排的，而是晋安帝亲自任命的。晋安帝提拔司马休之，一来是司马休之确实有这个本事，二来也是想找个宗室人物出来做军阀，以此来保证皇室安全。
对于晋安帝的提议，当时刘裕也不好过分阻挠，人家是皇帝。自己现在虽然有权有势，但还没有到撕破脸皮的时候，而且司马休之又确实是个不错的人选。
但这种均衡的情况随着谯蜀的消灭被打破了。这个时候，刘裕对权力的渴求已经越来越剧烈，他需要的是向他效命的部下，而不是能与他抗衡的军阀。
因此，他开始惦记起司马休之，并且派人四处搜罗司马休之的罪证。功夫不负有心人，很快刘裕就找到了足以讨伐司马休之的借口，突破口是司马休之的儿子司马文思。
司马文思是司马休之的长子，由于谯王司马尚之膝下无子，因此司马休之将司马文思过继给了谯王，留居建康。
司马文思贵为皇室，从小就养成了骄横残暴的习性。喜欢结交江湖朋友，外出游猎，欺负百姓。因此得罪了很多人。
终于有一天，事情闹大了。
司马文思由于抢劫了一名绝色美女，把上门要人的官吏给打死了。相关人等立即向刘裕报告了此事。在当时，打死官吏在东晋的法律体系中可是掉脑袋的罪。
刘裕当即下令搜捕司马文思一党，诛杀他的手下，并将司马文思绑送到了江陵，让司马休之自己看着办。
毕竟是自己的亲生儿子，司马休之能怎么办，他还做不到大义灭亲的地步。因此，司马休之向朝廷上书请辞。反正这个儿子犯下如此大罪，自已管教不严，也不好意思当父母官了。
但是晋安帝不想司马休之辞职，因此他原谅了司马文思，而目表示希望司马休之继续做荆州刺史。
但刘裕却不满意了。
经过一段时间的准备之后，刘裕首先发难，第二年春天，将司马休之留在建康的次子司马文宝等人一并赐死，并向皇帝要来了荆州刺史的位置自己做，亲自带兵讨伐司马休之，留下兄弟刘道怜掌管太尉府，提拔刘穆之为左仆射，佐助刘道怜，不管大小事，都由刘穆之断决。
自此，刘裕的野心已经昭然若揭。权力已经被架空的安帝对硬来的刘裕毫无办法，毕竟自己的小命握在刘裕手里。
得知了刘裕行动的司马休之，也对朝廷上了一封奏表，谴责刘裕的罪过，并且举兵反抗刘裕。同时，非刘裕系的雍州刺史鲁宗之也起兵响应司马休之。
刘裕听说司马休之的参军韩延之是个人才，很想招降他，于是特意写信劝降。他没料到的是，面对强势的刘裕，韩延之不为所动。并目回了一封堪称经典的拒降书。内容是言辞激烈，文采斐然。刘裕妄加罪名，排除异己的行为跃然纸上。同时表明自己绝不为强势所屈，坚决辅佐司马休之，大不了自己像东汉的臧洪一样，拒不受袁绍之降，有死而已。
同时，为了表明自己的决心，韩延之甚至将自己的字改为显宗，因为刘裕的爹刘翘也字显宗，而且他还将自己的儿子取名为韩翘。
看到这样言辞激烈的回信.刘裕却没有生气，反而将信传给左右看，并赞叹道∶"事人当如此也。"不管怎样，忠义的人都是能受到尊敬的，也包括敌人。
刘裕亲率一支部队进攻江陵，对付司马休之；另以参军檀道济和朱龄石的弟弟朱超石率步骑兵进攻襄阳，以阻止鲁宗之增援司马休之。
江夏太守刘虔之接到刘裕讨伐荆州的消息，受刘裕势大的影响，倒向了刘裕一边。他秘密修筑城防，储备粮食，准备接应檀道济的部队。当时，鲁宗之的儿子鲁轨任竟陵太守，侦察到了刘虔之的举动，约同司马文思一起，亲率四万大军，突袭江夏。
江夏兵微将寡，根本抵挡不住四万荆州兵的轮番攻击。很快，江夏城破，刘虔之被杀。
先一步进入荆州境内的刘裕得知江夏失陷，为了避免战事进一步恶化，派出自己的女婿徐逵之统领蒯恩等人率领一万步骑出屯江夏口，以期尽快夺回江夏。
但这一次，刘裕却算错了。
本来，刘裕派徐逵之去攻打江夏，是想让他立点战功，为他刘家挣点基业，可他没想到的是徐逵之很不争气。
好不容易得到刘裕赏识的徐逵之太想露脸了。徐逵之刚遇上鲁轨，二话不说，首先向鲁轨发起了攻击。心浮气躁的徐逵之在准备充分的鲁轨面前直接栽了个大跟头。晋军大败，徐逵之被杀，很轻松地完成了他跑龙套的角色。蒯恩由于在后军，且他毕竟是个战场老手，在强大的荆州兵面前坚守不战，因此得以勉强守住江夏口。女婿战败的消息很快传到刘裕耳内，刘裕出离愤怒了。
急火攻心的刘裕，带领将领以最快的速度渡江，直扑西岸的江陵。
那一截长江的西岸，岩壁陡峭，高达数丈。且岩面光溜，正是防守的最佳天然屏障，进攻方必须攀登上去才能和敌人决战。鲁轨充分利用这一地域优势，在悬崖上横向布下阵势，并辅以擂鼓巨石等守城工具。
刘裕的士兵犯难了，在这种滑不留手的岩壁面前，实在很难向上攀登。
一向冲在最前头做表率的刘裕这次也不例外，准备亲自带头攀岩。但是，他的将领不干。这次不比平地，可以任由你的赌徒性格大发神威。主簿谢晦更是冲上去将刘裕拦腰抱住，明确表示∶谁都能上，唯独你不能上。刘裕还在来气，拔出佩剑指着谢晦说：我要杀了你！谢晦见到这种阵式，也不慌张地说了一句毫无悬念的话∶天下可以没有我谢晦，但是却不可以没有您刘公呀!
刘裕冷静了。
在众将领中，刘裕挑出建武将军胡藩，强行让他登岸。太危险了，胡藩也不大愿意干这不讨好的工作。
面对陡峭的岩壁，胡藩竟想出了一个救他性命的办法。他从军校手中接过一把利刀，用刀头凿穿岩土，形成一个个可以容纳脚趾的小洞穴，趁夜偷偷地向上攀登，这一招果然灵验，全军纷纷效仿，很快跃上陆岸。
登上江岸之后，战斗就方便多了。
说实话，平地接战，没有多少人是刘裕的对手，鲁轨、司马文思也不例外。在岸上，鲁轨、司马文思根本没法抵挡刘裕的猛攻，其军很快被击退。你退我进，刘裕乘机向江陵发起猛攻，很快，江陵城破，司马休之和鲁宗之带着家眷只好北逃，留下鲁轨镇守石城暂时抵御追兵。
刘裕派人进攻鲁轨，鲁轨再次战败。
于是，北逃的队伍中又加入了鲁轨、司马文思、韩延之等人。一行人等在路上得到百姓的掩护，终于抵达后秦，并顺利加入后秦国籍。
自此，司马休之也被消灭。立下"大功"的刘裕也因此被加封为太傅，扬州牧，享受东汉末年曹操一样"剑履上殿，人朝不趋，赞拜不名"的规格。