以对战为核心，《舰无虚发：暗星》派生出了很多的系统玩法，以下就是游戏系统玩法的简要介绍。
天梯模式
1v1的实战匹配，与其他玩家对战，获胜者可以获得段位提升，升级段位则会获得丰厚的奖励，最强的玩家将有机会成为传说级别的选手，接受大家的欢呼。每天的前几场天梯对战还会有额外的奖励。
休闲模式
轻松休闲的对战模式，可以匹配到与你天梯等级相当的对手，但是胜负不会计入分数。推荐使用这个模式来尝试新阵容。
冒险模式
在冒险模式中，玩家可以从最基础的关卡开始，一步步了解背景故事的来龙去脉。游戏内专门制作了星系地图，从人类、恩瑟瑞以及佐顿三个种族的视角讲述这个故事。冒险模式的奖励是一次性的，多次通关不会有奖励。关卡进度可以在星系地图界面右上角的历史关卡中查看。
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