集运仓储管理上承国内电商网购，下启国际物流，是集运的重要组成部分，也是整个集运链路控制的关键。相较代发仓与中转仓而言，集运仓库从入库到出库的操作流程，没有太大的差异变化；但因与集运的服务对象与操作对象的不同，对集运仓库的管理操作有不同的要求。
集运服务的主要对象是海外用户，操作的对象是包裹；集运需要围绕海外用户面向包裹，进行仓库的操作管理规划。集运仓库的周转效率，体现了集运仓库的管理水平。集运仓库管理主要涉及仓库的区域规划，仓库的日常巡查，仓库的应急处置，包裹的库存管理，操作的标准规范等；完善的仓库管理，为集运仓库的高效运转助力。
集运是一种新型跨境服务，集运包裹的流通需要与海关，以及国际物流进行衔接。集运仓库有灵活的周转空间，针对海关政策及国际物流要求，制定行之有效的仓库管理措施，为集运包裹的出库发货做好铺垫。
增值服务是集运的亮点。由于用户身处海外，集运包裹的验收，包装加固、包裹减重等操作，需要委托仓库操作人员处理，因此衍生出了集运的增值服务。用户在海外，包裹在国内，正因为这种区位差异，造成用户无法直接对包裹进行管控，需要集运仓库给予操作管理的支持；凸显了增值服务对用户的重要性，也为集运仓库的管理运营埋下了伏笔。
集运仓库的管理规划，受海关、国际物流、用户等多方面的因素影响；需要考虑仓库的存储空间，与包裹流转时间的关系。集运仓库管理为海外用户，与其存在国内的包裹，建立了虚拟的联系通道。