会计、审计和资产评估在确保会计信息真实、可靠、客观等方面起着各自不同的重要作用，从而形成三种不同的责任，会计责任、审计责任和评估责任。评估与审计在实务操作相互独立，各自承担责任。一方面，在企业价值评估中，经审计后的企业财务报表及相关数据又可作为评估的基础数据;另一方面，审计可依托以财务为目的的评估进行程序性复核，仅承担对公允价值的审计责任，不承担对公允价值评估模型的评估责任。
评估与审计在技术方法、程序和实现目的上有相似之处，如资产评估在进行评估作价时，往往采用与审计方法想同或相似的程序，如监盘、函证。抽样、测试等;审计在进行资产价值确认时，也会采用公允价值测试，并据此计提资产减值准备或者确定公允价值变动损益等。评估与审计人员所需要的知识背景具有共同性，审计人员和评估人员都需要在一定程度上掌握会计准则、审计准则和评估准则的相关内容，熟悉对方的专业思路。审计审核会计资产要大量运用资产评估技术和方法，使得审计和资产评估的关系更加紧密。
以财务报告为目的的资产评估在审计中的应用应注意以下几点：
第一，审计需要以财务报告为目的的资产评估提供专业意见。
审计师对资产、负债和权益项目或交易的公允价值确认、计量的适当性及其披露的充分合规性进行审计时，为了合理降低审计风险要求被审计单位聘请独立的评估机构进行以财务为目的的评估，并在审计报告中采用以财务为目的的某项资产公允价值评估的结果。如在政府审计中，对国有企业改制、破产清算或是财政资金使用等方面进行审计监督时，审计部门直接采用资产评估报告中的公允价值确定资产价值，大大提高工作效率。
第二，审计与评估在具体操作时需要相互配合和沟通。
《以财务报告为目的的评估指南》第十一条规定，注册资产评估师执行以财务报告为目的的评估业务，应当与企业和执行审计业务的注册会计师进行必要的沟通，明确评估业务基本事项并充分理解会计准则或相关会计核算、披露的具体要求。因此在评估进行之前及期间，审计人员和评估师沟通，了解评估的工作范围、目标和目的以及使用的方法等，会使得评估师出具的报告更具有针对性及客观性。
第三，为保障以财务为目的的资产评估质量需选择优质评估机构。
评估、会计和审计作为上下游的专业服务分别为企业提供服务或者进行外部监督。资产评估作为一种专业服务应当根据国家法律、法规和评估准则的要求，提供质量可靠的专业意见。但是评估中介机构众多，评估从业人员素质良莠不齐，如果以财务报告为目的的评估报告的质量存在缺陷，审计工作也很容易出现问题，所以提高资产评估报告的质量，对审计工作是有着非常重要的意义的。在政府审计中，如对国有企业改制、破产清算等资产评估时，应选择国有资产管理部门经过招投标，或由行业协会推荐资质等级高、资信好的评估机构来完成资产评估工作，以保证政府审计的质量。